洪熙官（甄子丹 饰）是朝廷武官洪亭南（潘志文 饰）的儿子，对武术十分痴迷。洪亭南表面为朝廷效忠，但其真实身份却是主张反清复明的革命领袖，当这致命的秘密暴露之时，亦是洪亭南家破人亡之际。　　父亲的死让洪熙官受到了很大的刺…

　　一伙神秘匪徒意欲在即将举行的祭天盛典上行刺皇帝，六扇门必须在此之前将该案破获。种种线索指向襄阳的苍生客栈，当玄武小组赶到时，一伙匪徒竟将整个客栈的客人劫为人质——而他们的目标，却在所有人的预想之外……

　　京城出现天启通宝的假币，皇帝大怒，命六扇门彻查此事，玄武小组成员奉命调查此事，顺藤摸瓜发现巨贾柳百川与假币案有千丝万缕的联系，随着调查的深入，他们发现了柳百川的另一个身份，也由此离真相更近了一步。

　　大金使节达哈苏出使大明以求两国平和，六扇门接到使命护卫。却不料达哈苏抵达后，其副手俄然发问，里应外合占据了六扇门，目的是要杀死达哈苏，挑起两国战役。面临沦亡，同门惨遭屠杀，玄武小组打开拼死的激战。

　　天启皇帝驾崩，崇祯即位之时，准备法办奸臣魏忠贤一党，在这关键时刻却发现记载魏罪证的万言书被盗，六扇门和魏忠贤的党羽银鬼同时出发追踪盗书之人，并展开了关乎正邪交锋、恩怨情仇甚至社稷安慰的最终“绝战”！

　　一宗多年前的杀人案浮出水面，牵出一个在逃的杀手，六扇门捕快张一和刘魁联手侦查，发现案中有种种蹊跷，就在案情逐渐大白时，刘魁和张一的身份也浮出水面，刘魁为了张一牺牲了自己，而张一则决定和过去诀别。

　　多年前一次失误，捕头周冲多名部下丧命玄铁镖，周冲也一蹶不振。最近内阁大臣蒋进之女遭绑架，案发现场竟发现了玄铁镖踪迹，周冲请命重回六扇门，顺藤摸瓜打入敌穴，救出蒋进之女，并一步步接近当年阴谋的真相……

　　神秘杀手杀死琴馆盲女，引出了逃亡在外的唐珂。追查中张一发现，仍有十枚毒火球流落江湖，并被一个女杀手计划用来除掉朝中反对魏忠贤的一干忠臣！危急时刻，玄武小组再次出战，而唐珂也由此将了结唐门的血海深仇。